De algemene doelstelling van ECONUTRI is het optimaliseren, valideren en demonstreren van nieuwe, op de natuur gebaseerde oplossingen die zijn aangepast aan een holistisch concept en die bijdragen aan de vermindering van de uitspoeling van NO3-N en P, de beheersing van N-verliezen door ammoniakvervluchtiging en de vermindering van broeikasgasemissies afkomstig van de landbouwsector, met inbegrip van zowel plantaardige als dierlijke productie.

Om dit doel te bereiken wil ECONUTRI de toepassing van deze nieuwe technologieën verder verspreiden en opschalen, en landbouwers en wetenschappers in de EU ondersteunen door middel van opleiding en onderwijs bij de toepassing van op de natuur gebaseerde instrumenten voor nutriëntenbeheer die de lucht-, bodem- en waterkwaliteit in Europa en China verbeteren en bijdragen aan de beperking van de wereldwijde klimaatverandering.